ГФК “Неготино” е формиран  на 29 август 2003 година по иницијатива на група граѓани, спортски работници и поранешни истакнати фудбалери од Неготино. Прв претседател на клубот е Зоран Недев, дипломиран професор по физичко воспитание, кој во исто време е и прв тренер на екипата. Членови на првата управа на клубот се: Димитрија Гиновски – Потпретседател на клубот Орце Најдов – Директор на клубот, спортски работник и фудбалер кој има настапувано во дресот на ФК “Вардар” од Скопје, кога овој клуб се натпреварува во најдобрата лига на поранешна Југославија, Диме Димов (Џуџето) – Секретар, поранешен фудбалер на ФК Вардар од Неготино и истакнат фудбалски судија.

ГФК Неготино е клуб кој се натпреварува само во лигите за пионери, кадети и младинци во организација на Фудбалската Федерација на Македонија, односно нема сениорска екипа. Спортската политика на клубот е младите фудбалери по наполнувањето на 18 години и истекот на правото за настап во младинските конкуренции да бидат префрлани во сениорскиот тим на ФК “Вардар” – Неготино. Најдобрите резултати клубот ги има постигнато во сезоната 2003/2004 во Лигата за пионери и кадети, деца родени 1989/90 (пионери) и деца родени 1987/88 (кадети) во организација на ФФМ – лига Исток, кога во двете конкуренции клубот го освои првото место и обезбеди пласман во Првата квалитетна лига на Македонија за пионери и кадети. Најдобрата генерација на клубот ја сочинуваат токму  фудбалерите кои настапија во сезоната 2003/04, Никола Ристов, Илија Јаков, Игор Трипунов, Милан Давчев и други, фудбалери кои денес настапуваат во клубови од најдобрата Прва фудбалска лига на Македонија. Во тековната сезона 2009/2010, во Пионерска конкуренција клубот се натпреварува во Штипско – кавадаречкиот регион и моментално се наоѓа на второто место зад Брегалница – Штип. Во оваа конкуренција ГФК Неготино се пласираше меѓу најдобрите 8 екипи во Лига купот на Македонија. Во конкуренција на кадети и младинци клубот се натпреварува во Првата Б1 лига, односно една од трите први лиги на Македонија во организација на ФФМ.

Тренер на младите футбалери во сите категории е Зоран Недев.

 Сегашната Управа на клубот ја сочинуваат:

-          Зоран Недев – Претседател

-          Димитрија Гиновски – Потрпретседател

-          Милан Ризов – Директор

-          Драган Спасески – член на УО

-          Др. Диме Трајковски – член на УО и лекар на екипата

-          Ацо Трипунов – член на УО, претставник на родителите на децата

 ГФК “Неготино” во тековната сезона има преку 60 регистрирани играчи, односно во просек околу 20 во секоја категорија (пионери, кадети и младинци).

 Своите натпревари ГФК Неготино ги игра на градскиот стадион во Неготино.